在實驗室純水器的使用過程中，都是純水進水，純水一般都是經過反滲透或者蒸餾獲得的，水質一般比自來水好很多，經過實驗室純水器內部的強化預處理以及離子交換和終端修飾后得到超純水，一般不需要經過反滲透再處理了。但是因為儀器會有純水殘留在儀器內部，所以一般在開機時候或者儀器循環時候會有少量廢水流出，這樣可以大大的保證客戶的用水水質，也對儀器里面的耗材是保護的。
　　為了保證運行時沒有廢水產生，那么正確地安裝設備也是十分重要的。在客戶要求自行安裝實驗室純水器時候，一定要注意正確連接儀器的進水口、廢水口和連接水箱的水管，進水口再儀器配置外置預處理時候，儀器的進水口接在預處理的出水口上面，預處理的進水口連接在自來水管網上。當儀器無外置預處理時，儀器的進水口直接連接在自來水管網上即可。儀器的廢水口直接插到下水道即可，注意不要插的過深，以免發生虹吸現象。然后儀器上的連接水箱的水口直接連著水箱即可。一定要看清儀器上的連接水口，如果任意一連錯的話，儀器很可能不會正常工作，影響凈化水的效果。一般用戶參考儀器附帶的說明書即可正確連接。假如客戶把廢水口和連接壓力罐的水口連錯了互相調換了的話，儀器在關閉自來水的水源后，儀器仍然可以繼續工作，所以一定要驗證下連接的正確與否。